Olyckan inträffade på söndagseftermiddagen, svensk tid, i ett avlägset bergsområde i nordöstra Iran. Förutom terrängen försvårade regn och dimma räddningsarbetet.
Under natten till måndagen meddelade iranska myndigheter att helikoptern hade hittats och senare på morgonen bekräftades att den 63-årige presidenten hade omkommit i kraschen.
Ytterligare åtta personer dog i olyckan. Det handlar om Irans utrikesminister Hossein Amir-Abdollahian, andra högt uppsatta iranska tjänstemän och personalen ombord, rapporterar iranska medier.
Alla var på väg tillbaka efter invigningen av en damm nära Azerbajdzjan.
På måndagseftermiddagen meddelade den iranska Röda halvmånen att kvarlevorna har bärgats och ska transporteras till Tabriz, i nordvästra Iran.
Ett vittne har uppgett att helikoptern kraschade över ett skogsområde mellan byarna PirDavood och Uzi.
Vädret och den låga temperaturen gjorde det omöjligt att söka med helikopter och allt räddningsarbete skedde inledningsvis på marken. Men flera länder meddelade efter olyckan att de var beredda att stötta Iran i sökandet efter presidenten och utrikesministern.
Turkiet skickade bland annat en räddningshelikopter med mörkerutrustning, 32 räddningsarbetare samt sex fordon, enligt landets katastrofmyndighet.
Oppositionella firar
Raisi valdes till Irans president år 2021, och var känd som en ärkekonservativ kandidat med stöd från ayatolla Ali Khamenei. Presidenten pekades även ut som en framtida möjlig efterträdare till ayatollan.
Irans vicepresident, Mohammad Mokhber, tar tillfälligt över posten som landets president. Enligt den iranska grundlagen måste ett presidentval hållas inom 50 dagar.
I ett uttalande berömmer Ali Khamenei, Irans högste ledare, Ebrahim Raisi som person och även hans arbete.
Han refererar till kraschen som "en bitter tragedi" och bekräftar att Mokhber kommer att bli interimspresident under tiden man förbereder för presidentvalet, rapporterar statliga nyhetsbyrån IRNA.
Redan på söndagskvällen samlades många av Raisis anhängare för att be för honom och utrikesministern. Efter uppgifterna om att båda politikerna är döda har Iran utlyst fem dagars landssorg.
Samtidigt rapporterar Sky News att oppositionella i Iran firar Raisis död, med bland annat fyrverkerier.
LÄS MER:Det här är Irans president Ebrahim Raisi
