386 idrottare ingick i den ursprungliga ryska truppen, men efter Wadas rapport om statsunderstödd dopning har ett 100-tal av dem stoppats från att tävla i Brasilien.
Enligt ryska nyhetssajten Tass menade Putin att avstängningarna är ett alldeles för hårt straff.
– Det går bortom såväl lagliga gränsersom sunt förnuft, säger den ryske presidenten enligt sajten.
Under onsdagen träffade Rysslands president VladimirPutin OS mest ifrågasatta deltagare vid en ceremoni i Moskva. Olympierna ska också välsignas av den rysk-ortodoxa kyrkans överhuvud innan de reser till OS-staden Rio de Janeiro.
Dopningsskandalen kring det ryska förbundet fortsätter bara att växa och senast i raden av misstänkta idrottare är 14 ishockeyspelare som deltog i OS i Sotji 2014.
Läs mer: "Skandalen växer - 14 hockeyspelare kan ha dopat sig"
Under avskedsceremonin i den ryska huvudstaden skylde Putin skandalen på politiker.
– Kortsiktiga politiker kan inte ens lämna sporten utanför, trots att den för människor samman och eliminerar rådande motsättningar mellan länder, sa han enligt Tass.
