"Det är med stor sorg jag måste dra mig ur från denna fantastiska turnering", säger tennislegendaren i ett uttalande och hänvisar till att han inte känner sig redo för att spela på "högsta nivå".
Spanjoren har lidit av skadeproblem under en längre tid. I januari spelade han sina första tävlingsmatcher i Brisbane efter ett årslångt uppehåll.
Men efter att ha åkt ur i tredje rundan bestämde han sig för att stå över Australian Open till följd av skadekänningar.
När 37-åringen, som bland annat har 22 grand slam-titlar på sitt cv, kan tänkas vara klar för spel igen är oklart.
I Indian Wells kommer Nadal nu att ersättas av Sumit Nagal från Indien, för närvarande 101-rankad. Han förlorade tidigare i veckan sin avgörande match när han föröskte kvala sig in i turneringen, men får nu chans som "lucky loser".