Kontrollstationerna vid gränsen mot Frankrike togs bort vid midnatt och trafiken flödar igen. Enligt vittnen är det dock fler som kör från Spanien till Frankrike än åt andra hållet.
För en vecka sedan kom beskedet att landets gränser skulle öppnas för resande från EU-länder och de Schengenländer som inte är med i unionen, och att karantänskraven tas bort.
Resande från grannlandet Portugal får dock vänta till den 1 juli, enligt begäran av den portugisiska regeringen. Då öppnar Spanien även för resenärer från andra länder.
Fler än 28 000 coronasmittade människor har avlidit landet, som är bland det hårdast virusdrabbade i världen. Pandemin har lett till svåra följder för landets ekonomi, speciellt den stora turistindustrin.
Runt 600 anställda inom hälsodepartementet kommer att kontrollera temperaturen på ankommande passagerare på flygplatser i landet, och misstänkta smittofall kommer att undersökas av läkare.
Svenska utrikesdepartementet har hävt sin avrådan från så kallade icke nödvändiga resor till tio europeiska länder från den 30 juni, bland dem Spanien.