Fadi al-Hadami greps i sitt hem tidigt på söndagen. Tidigare i veckan besökte han al-Aqsamoskén i Jerusalem tillsammans med Chiles president Sebastián Piñera. Besöket var enligt advokaten Mohannad Jbara orsaken till gripandet.
Israel anser att al-Hadamis agerande var ett brott mot den överenskommelse som nåtts med Chile inför besöket.
Chile har efter besöket uppgett att Piñeras besök var privat, och att det inte var officiellt planerat att den palestinske ministern skulle följa med.
Tempelberget, eller al-Haram al-Sharif som araber kallar det, är heligt för både muslimer och judar. Dess status är en av de känsligaste frågorna i konflikten i Mellanöstern. Det är den heligaste platsen för judarna och den tredje heligaste för muslimerna efter Mekka och Medina.