Påven höll i fredags ett tal via länk till unga katoliker i S:t Petersburg där han bland annat uppmanade åhörarna att minnas "det stora ryska imperiet".
Problemet är att det ryska imperiet ur litauisk horisont väcker minnen av rysk expansion och annektering då stora delar av det det Polsk-litauiska riket blev en del av Tsarryssland i slutet av 1700-talet under Katarina den Storas styre.
Vatikanen har försökt gjuta olja på vågorna och har i ett uttalande sagt att påvens avsikt var att "förorda allt det positiva med det ryska kulturella och andliga arvet". Franciskus ville "definitivt inte hylla imperialism", skriver talesperson Matteo Bruni.
Men kritiken har kommit från fler håll. Även Ukraina har lyft talet som oansvarigt och "djupt beklagligt".
Talet skulle handla om att värna om fred och försoning, men i vad som sägs ha varit en improviserad del sade påven även att:
– Glöm inte ert arv. Ni är det stora Rysslands arvingar innan han avslutade med orden "Gå framåt. Tack för ert sätt att vara, för ert sätt att vara ryssar".
Till skillnad från i Litauen uppskattades talet av Moskva. Kreml anser enligt talespersonen Dmitrij Peskov att påven visar "djup förståelse för den ryska historien".