Enligt studien har andelen indier som utför sina behov utomhus sjunkit rejält, från knappt 30 procent 2014 till tio procent.
Stämmer det innebär det en fjäder i hatten för landets sittande premiärminister Narendra Modi, som siktar på att bli omvald i det pågående parlamentsvalet.
Vid ett framträdande i söndags uppgav Modi att han hållit sitt vallöfte från 2014, då han lovade att tillintetgöra fenomenet att gå på toaletten i det fria senast i oktober 2019.
- Vi har byggt fler än hundra miljoner toaletter, sade premiärministern då.
Men studien, som erhållit miljardstöd från Världsbanken, kritiseras nu för fusk.
Flera intervjuade har pressats att svara att de har tillgång till en toalett och andra har mottagit hot om våld och ekonomiska sanktioner om de utfört sina behov utomhus, enligt uppgifter från personer som arbetat med studien till nyhetsbyrån Reuters. Ett antal indiska städer ska också ha markerats som avföringsfria, trots att utredarna observerat flera toalettbesök utomhus på plats.
Myndigheterna har tillbakavisat anklagelserna, och säger att rapportens utredare har "mycket lite kunskap" om hur man samlar in data.
Brist på toaletter innebär en stor hälsorisk i Indien, då avföring i natur och vatten sprider parasiter. För kvinnor innebär det också en säkerhetsrisk att promenera långa avstånd i mörkret i jakt på en toalett.