Uppskjutningen ägde rum vid klockan fyra natten mot lördag, lokal tid.
Den sydkoreanska militären uppger att man analyserar vad det var för slags robotar.
De militära spänningarna i området har ökat det senaste året, i takt med allt fler nordkoreanska robottest och gemensamma militärövningar mellan USA och Sydkorea.
I tisdags anlöpte en en kärnvapenbestyckad amerikansk ubåt till hamnen i sydkoreanska Busan. Pyongyang svarade med att provskjuta två ballistiska kortdistansrobotar i vattnet öster om den koreanska halvön.
I förra veckan avfyrade Nordkorea även en långdistansrobot i samma område.
Nordkorea har ännu inte uttalat sig om den amerikanska soldat som tros ha tagits i nordkoreanskt förvar i tisdags. Amerikanen sprang över gränsen efter att ha avvikit från en turistgrupp som besökte den demilitariserade zonen som delar Syd- och Nordkorea.