Tusentals deltog i tisdags i den ceremoni som ledde till gripandet av de religiösa företrädarna.
Dagen därpå utbröt oroligheter i staden då hundratals invånare protesterade mot frihetsberövandena. Polisen använde tårgas och chockgranater för att skingra demonstranterna, som i sin tur kastade sten mot ordningsmakten. Minst två poliser skadades och flera demonstranter omhändertogs, uppger polisen.
Biskopen och prästerna misstänks för att ha brutit mot förbudet mot offentliga sammankomster genom att anordna tisdagens religiösa ceremoni på gatan, enligt åklagaren. De riskerar tolv års fängelse om de anses ha "brustit i att följa hälsorestriktionerna för att bekämpa ett farligt smittsamt virus", heter det i ett uttalande.
Coronarestriktionerna i Montenegro började lättas upp i veckan och nu tillåts mässor i kyrkor. Besökarna måste dock hålla fysiskt avstånd och bära munskydd.
Landet har bekräftat 324 fall av virussmittan. Nio personer har avlidit i sviterna av covid-19.
Montenegro har omkring 620 000 invånare.