Kvarlevorna hittades av människor som promenerade i en park i Pankow den 8 november. Rättsmedicinsk analys visade att den döde var en 44-årig man, av polisen kallad Stefan T, som försvann i Berlin i september.
En 41-årig man greps i onsdags och på fredagen uppgav åklagare att de utreder ett "sexualmord med misstankar om kannibalistisk bakgrund".
– Utifrån de ben som hittats, som helt rensats från kött, och annan bevisning, misstänker vi starkt att Stefan T. föll offer för en kannibal, säger en polis till tidningen Bild.
Enligt tidningen är den misstänkte gymnasielärare.
Enligt medier har polisen bland annat hittat rättsmedicinska spår som lett till den misstänkte, men också funnit att de båda männen bestämt träff via ett chattforum.
Polisen har även, utifrån spår i offrets mobiltelefon, lyckats få tag i en taxichaufför som körde honom till den misstänktes bostad.
Verktyg och kemikalier som kan ha använts vid brottet har påträffats i bostaden, liksom resterna av blod, säger åklagaren Martin Steltner.
Han uppger även att den misstänkte sökt information på nätet om kannibalism.