Det var klockan tre på onsdagsmorgonen lokal tid som den indonesiska militären tappade kontakten med ubåten under en planerad torpedövning.
LÄS MER:Ubåt försvunnen – 53 personer i besättningen
Under onsdagen sökte man efter ubåten och dess besättning i havet cirka tio mil från Balis kust, uppgav, chefen för det indonesiska flygvapnet, Hadi Tjahjanto, till Reuters.
Den tysktillverkade ubåten av modell KRI Nanggala-402 byggdes 1982.
Vad som ligger bakom ubåtens försvinnande är i nuläget oklart. Enligt den indonesiska flottan kan det ha uppstått problem med elektroniken vid dykningen.
På torsdagen skickade Singapore ut ett fartyg för ubåtsräddningar för att hjälpa till i sökandet efter den försvunna indonesiska ubåten, med en besättning på 53 personer.
"Platsen för sökinsatserna, nära Bali, är mer än 1 500 kilometer bort och vattnen är djupa och därför seglade MV Swift Rescue i väg så fort hon kunde", sa Singapores flottchef Ng Eng Hen i ett uttalande.
Ubåten tros ha sjunkit på 600–700 meters djup, vilket är betydligt djupare än ubåten kan verka på.