Kirgiziska och tadzjikiska styrkor besköt varandra över gränsen mellan de två länderna under torsdagen.
En kirgizisk militärpostering sattes i brand sedan den träffats av granater. Kirgiziska styrkor hämnades genom att ta över en tadzjikisk militärpostering.
Kirgizistan uppger att tre personer dödades i striderna, däribland en flicka i elvaårsåldern, och att ett 50-tal personer skadades.
På den tadzjikiska sidan finns uppgifter om tre dödsoffer och 31 skadade, rapporterar ryska nyhetsbyrån RIA som hänvisar till en källa inom lokala myndigheter.
Sammandrabbningarna, som är de värsta mellan de två länderna på flera år, utlöstes av en konflikt om en vattenreservoar och pumpstation i området. Båda sidor gör anspråk på anläggningen som ligger i anslutning till floden Isfara.
Senare på torsdagen gick länderna med på vapenvila och att dra tillbaka sina trupper från området, enligt ett uttalande från Kirgizistans utrikesdepartement.