Videon, som spelades in bara några veckor innan KRI Nanggala sjönk, var avsedd som en hyllning till en avgående militärchef.
"Jag önskar dig allt gott", sjunger besättningen bland annat ur den indonesiska hitlåten.
Inslag om videon på indonesiska mediers youtube-konton har snabbt fått flera miljoner visningar och många känsloladdade kommentarer.
Ubåten skulle genomföra en torpedövning utanför Balis kust i onsdags, när den bad om tillstånd att dyka och kort därefter tappade kontakten med omvärlden. Efter flera dagas intensivt sökarbete hittades ubåten i söndags på 800 meters djup, knäckt i tre delar.
Hoppet om att hitta överlevare hade då redan släckts, eftersom syret som fanns ombord beräknades ha tagit slut.
Indonesiens president Joko Widodo uttryckte sitt deltagande i de anhörigas sorg i ett tal till nationen på måndagen.
Han meddelade även att regeringen kommer att finansiera utbildningen för offrens barn.