Maja Kocijancic, talesperson för EU:s utrikeschef Federica Mogherini, skriver i ett uttalande att det oproportionerliga våldet gentemot fredliga demonstranter väcker oro. Hon uppmanar Ryssland att verka för ett inkluderande politiskt landskap.
"De efterlyste fria och demokratiska val i Moskva i september 2019", skriver hon om demonstrationen.
Massgripandena skedde vid en protest där krav ställdes på att oppositionspolitiker ska tillåtas att delta i ett lokalval senare i år.
"Illusion borta"
Bland de frihetsberövade finns flera framträdande aktivister, journalister och oppositionella.
"Den sista illusionen om att vi kan delta lagligt i politiken är borta", skriver den förre dumaledamoten och Kremlkritikern Dimitrij Gudkov på Twitter
Gudkov greps före demonstrationen i lördags, men släpptes senare.
Den ryska tidningen Vedomosti konstaterar att myndigheterna använde våld för att stoppa protesten eftersom de "misslyckats med att motverka den med politiska medel", skriver BBC.
"Oacceptabel hållning"
Samtidigt anklagar den ryska regeringens tidning, Rossijskaja Gazeta, oppositionen för att utöva utpressning och för att ha en oacceptabel hållning till gällande lagar. Myndigheterna hade inför demonstrationen deklarerat att den var olaglig. Trots detta deltog över 3 500 personer, enligt polisen.
En protest liknande lördagens samlade förra helgen över 20 000 människor i den ryska huvudstaden.