Bolsonaro anlände till polishögkvarteret i Brasilia i en bil med tonade rutor och hördes i cirka två timmar.
Expresidenten befann sig vid tidpunkten själv i USA, men han utreds för misstankar om att ha uppviglat till de omfattande protesterna efter att han förlorat valet mot rivalen Luiz Inácio Lula da Silva i oktober i fjol.
Bolsonaro reste till Florida den 30 december, två dagar innan han skulle överlämna makten till sin efterträdare. Hans anhängare inledde protester som kulminerade den 8 januari med en stormning av såväl presidentpalatset, kongressen som Högsta domstolen.
Den 13 januari inledde Alexandre de Moraes, domare i landets högsta domstol, en utredning kring Bolsonaros eventuella inblandning. Åklagare har bland annat släppt en video som visar hur expresidenten ifrågasatte valresultatet bara två dagar efter upploppen.
Bolsonaro som återvände till Brasilien i slutet av mars har upprepade gånger nekat till inblandning.
Bolsonaro är föremål för ytterligare minst 16 olika utredningar som kan leda till fängelse eller att han utestängs från politiken. Den 5 april förhördes han av polisen om misstankar om att illegalt ha försökt importera juveler för mångmiljonbelopp som han fått i gåva av Saudiarabien.