Orsaken är att kommunen brustit i sin tillämpning av säkerhetsskyddslagen, vilket enligt länsstyrelsen skulle kunna leda till allvarliga konsekvenser.
Bristerna uppdagades vid en tillsyn av kommunen i slutet av förra året. Det är dock oklart hur kommunen brustit eftersom delar av handlingarna är sekretessbelagda, enligt radion.
Sekretesskydd handlar om att skydda verksamheter som är av betydelse för Sveriges säkerhet mot spioneri, sabotage, terroristbrott och vissa andra hot.
Men kommunen skriver i ett pressmeddelande att beslutet ska överklagas:
"Anledningen till att Pajala kommun tilldelats avgiften beror på dokumentation som inte inkommit i utsatt tid. Att det kan leda till allvarliga konsekvenser för Sveriges säkerhet är en tolkning som media valt att göra."