Den 55-årige fotbollstränaren ledde laget till en åttondeplats i ligan och till final i ligacupen, där det blev förlust mot Manchester United.
"Southampton kan i dag bekräfta att klubben brutit kontraktet med Claude Puel med omedelbar verkan", står det att läsa på webbplatsen.
Fransmannen har tidigare tränat Monaco, Lille, Lyon och Nice i franska ligan.
Ingen ersättare är klar.
TT-AFP