Det innebär att den tyske 31-åringen missar kvällens final i klubblags-VM mot det mexikanska laget Tigres.
Müller är den tredje spelaren i Bayern München som drabbas av coronaviruset under de senaste veckorna. Tidigare har även den spanske mittbacken Javi Martinez och tyske mittfältaren Leon Goretzka testat positivt och finns därför inte med i Bayern Münchens trupp till klubblags-VM.
Utöver det saknas även Jerome Boateng som har lämnat truppen på grund av "personliga skäl".
Finalen i klubblags-VM spelas i Qatars huvudstad Doha.