Rooneys mål var hans 250:e i Manchester United-tröjan, ett mer än Sir Bobby Charlton.
– Det är svårt att vara jätteglad när man tappar två poäng, men det är en stor ära, säger Rooney i Viasat sport.
För drygt tolv år sedan gjorde han sitt sitt första mål i klubben. Och på lördagen blev han klubbens främste målskytt genom tiderna.
– Det har varit fantastiskt, jag är stolt och förhoppningsvis kommer det mer, säger han.
United hade inte förlorat i Premier League sedan den 23 oktober, då laget förnedrades av Chelsea i en 0-4-förlust. Efter det hade José Mourinhos mannar spelat tolv raka ligamatcher utan att förlora, inför bortamatchen mot Stoke.
Men på Britannia Stadium såg det läge ut som att sviten skulle brytas.
Självmål av Mata
Matchens första mål gjordes i den 19:e minuten. Hemmamålvakten Lee Grant skickade iväg en boll som Peter Crouch nickskarvade vidare, Joe Allen och Marko Arnautović samspelade fint på offensiv planhalva och Erik Pieters tog en jättelöpning in i straffområdet. Den nederländske vänsterbacken tog emot bollen och hans inspel styrdes in av Juan Mata.
Spanjoren hade det tungt på Brittania Stadium. Tio minuter efter självmålet fick han ett ypperligt läge att kvittera. Paul Pogba hittade Zlatan Ibrahimovići djupet, som i sin tur serverade Mata – men han missade öppet mål.
Manchester United hade stora problem med Stokes aggressiva press de första 20-25 minuterna. Men efter ledningsmålet började det offensiva spelet fungera allt bättre och Matas miss blev startskottet på en chanskavalkad.
Ibrahimović frispelades av Henrich Mchitarjan, men svensken var alltför osjälvisk. I stället för att skjuta i duellen med Grant valde 35-åringen att leta efter en lagkamrat och passningen hittade inte fram till rätt adress.
Närmast att hitta nätet i den första halvleken var Pogba. Två minuter före paus mötte han en vänsterhörna, med ett hårt närskott, men Grant svarade för en fantastisk reflexräddning.
Rooney hoppade in
Gästerna hade svårt att komma upp i samma chansproduktion i den andra halvleken. Inhopparna Wayne Rooney och Marcus Rashford skapade det farligaste läget. Anfallstalangen fick mycket yta och tid, men han lyckades inte pricka det bortre krysset.
Och Rooney fick alltså det sista ordet, när han skickade iväg sin magiska frispark på tilläggstid.
– Det är lång väg kvar, och alla lag kommer att tappa poäng. Vi kan bara försöka ta så många som möjligt, sedan får vi se hut långt det räcker, säger poängräddaren.
Zlatan Ibrahimović & Co. har nu 13 raka ligamatcher, 17 totalt, utan förlust.
