Fotbollförbundet skriver att 64-årige Sami al-Naash gick bort måndagen 10 maj.
AP uppger att lokala medier i landet skriver att al-Naash smittades i samband med en landslagssamling i början av maj.
Det jemenitiska landslaget förberedde sig få inför de tre kommande matcher som avgör om landet kvalificerar sig till det asiatiska mästerskapet i fotboll som spelas 2023, samt kvalet till VM i Qatar nästa år.
Landet på den södra Arabiska halvön är i ett pågående inbördeskrig sedan 2014. Man har haft stora problem med hanteringen av coronafall som överväldigat dess redan ansträngda sjukvård.