- Jag har dragits med problemen ett tag, vi får se hur det påverkar mig, sade Djokovic i matchintervjun med Eurosport.
Matchen på centercourten var uppskjuten från måndagen på grund av den nästan fem timmar långa bataljen när 26-rankade Gilles Müller, Luxemburg, slog ut världstvåan Rafael Nadal, Spanien.
- Det var en lång dag i går, i dag fick vi äntligen komma på banan. Jag känner mig väldigt bra och är motiverad att ta mig så långt som möjligt, sade Djokovic, som förutom axelskadan också var irriterad över gräskvaliteten.
- Jag nämnde för domaren att det är ett hål i mitten av banan, i mitten av servelinjen. Han var inte speciellt glad över att se det, sade Djokovic till BBC.
Den andraseedade serben besegrade Mannarino efter två timmar och en kvart i en match som försenades något ytterligare på grund av lätt regn. Taket fick stängas på centercourten.
Djokovic är därmed siste herrspelare klar för kvartsfinal, där 15-rankade Tomas Berdych, Tjeckien, väntar.
- Han är bra på gräs, har en bra serve och en bra forehand, säger Djokovic om sin kommande motståndare.
Herrarnas kvartsfinaler inleds på onsdagen.
Fakta: Herrkvartsfinalerna i Wimbledon
Andy Murray, Storbritannien, rankad 1 – Sam Querrey, USA, rankad 28
Gilles Müller, Luxemburg, rankad 26 – Marin Cilic, Kroatien, rankad 6
Milos Raonic, Kanada, rankad 7 – Roger Federer, Schweiz, rankad 5
Tomas Berdych, Tjeckien, rankad 15 – Novak Djokovic, Serbien, rankad 4