Bussen stenades och två spelare skadades efter Benficas första match i omstarten. Dessutom fick flera spelare sina hem vandaliserade.
Vandalerna hade spraymålat hot på spelarnas hus, bland dem stjärnmittfältaren Pizzi.
Det finns inga uppgifter på vem som ligger bakom dåden, eller varför.
Men det kan ha att göra med att topplaget bara fick 0–0 mot Tondela och därmed inte lyckades dra i från i tabelltoppen. Benfica och Porto fortsätter att dela ledningen på 60 poäng. Nio omgångar återstår.
På vägen hem från matchen stenades Benficas buss. Två spelare, den tyske mittfältaren Julian Weigl och den serbiske yttern Andrija Zivkovic, träffades av glassplitter och fick föras till sjukhus för omplåstring.
Bussattacken skedde på motorvägen mellan arenan Estadio da Luz och träningsanläggningen.
"Benfica fördömer och beklagar den kriminella steningen av bussen som spelarna utsattes för", skriver klubben i ett uttalande.
Rättad: I en tidigare version blev det fel om Benficas namn. Ord är därför borttagna i uttalandet.