Tränaren Carlo Ancelotti krävde att domarna ska få börja använda videoteknologi med möjlighet att granska situationer i efterhand.
- I kvartsfinalen måste det vara domare med mer kvalitet. Det är dags att introducera video för domarna, sade Ancelotti.
Den ungerske domaren Viktor Kassai och hans assistenter noterade inte att Cristiano Ronaldo stod offside vid två av sina tre mål. Reprisbilder visade också att Arturo Vidals andra varning, som innebar att Bayern reducerades till tio spelare, kom efter en perfekt brytning.
- Det var beslut som straffade oss hårt. Arturos röda kort var inget kort och två av Cristianos mål var offside, sade Ancelotti.
Arturo Vidal hävdade att tyskarna blev "rånade" på en plats i semifinalen.
- Det är misstag som inte kan hända i Champions League, sade Vidal.
- Det är domarna som slår ut oss ur Champions League.
Real Madrid-tränaren Zinedine Zidane höll inte med om att domarna avgjorde stormötet.
- Mer än det andra gula kortet (för Vidal) och offsidemålen, visade våra sex mål på två matcher att vi förtjänade att gå vidare, sade Zidane.