Sydkorea kallar det för en "allvarlig provokation". Den japanska regeringens talesperson Hirokazu Matsuno anser att Nordkoreas agerande utgör ett hot mot säkerheten i regionen.
I ett trepartssamtal kom Sydkorea, Japan och USA överens om att uppvisa enad front och agera kraftfullt gentemot Nordkoreas provokationer. Representanter för de tre nationerna talade också om att åstadkomma ett starkare internationellt gensvar beträffande Nordkoreas kärnvapenprogram och robottester, uppger Sydkoreas utrikesdepartement.
Japans försvarsminister Yasukazu Hamada säger att projektilen bedöms ha landat i havet utanför Japans ekonomiska zon, omkring 55 mil öster om den koreanska halvön.
Tidigare i veckan hotade Nordkorea att skjuta ned amerikanska spionplan som kränker landets luftrum, efter anklagelser om aktivitet nära dess territorium. USA och Sydkorea har fördömt hoten.
De militära spänningarna i området har ökat det senaste året, i takt med allt fler nordkoreanska robottest och gemensamma militärövningar mellan USA och Sydkorea.