UNRWA-chefen Pierre Krähenbühl gjorde uttalandet i samband med att organisationen begärde ytterligare över 800 miljoner dollar i nödhjälp för palestinska flyktingar i Syrien, Gaza och på Västbanken.
- Det är mycket uppenbart att USA:s beslut inte står i proportion till hur vi presterar, sade han.
Enligt UNRWA-chefen är USA:s minskade bistånd kopplat till palestiniernas beslut att frysa relationen med USA, sedan president Trump erkänt Jerusalem som Israels huvudstad.
USA har betalat ut 60 miljoner dollar i bistånd till UNRWA:s budget i år, från att ha betalat 360 miljoner dollar i fjol. 65 miljoner dollar har frysts inne, pengar som USA har meddelat att man fattar beslut om senare.
De senaste åren har USA:s bidrag uppgått till ungefär en fjärdedel av UNRWA:s budget, och det kraftigt bantade bidraget sätter organisationen i en svår finansiell kris. Trump har motiverat beslutet med att USA ger palestinierna "hundratals miljoner dollar varje år utan någon uppskattning eller respekt i gengäld". Men tjänstemän på amerikanska UD hävdar att det handlar om att man vill att andra länder ska stå för en större del av biståndet.