Bakgrunden är en artikel i The New York Times om att Kelly vid ett möte med kongressledamöter från Demokraterna ska ha sagt att presidenten inte var "helt informerad" när han i valrörelsen lovade att bygga en mur längs hela gränsen mot Mexiko. Sedan dess har presidentens syn på muren "utvecklats", enligt Kelly som också ska ha sagt att han övertygat presidenten om att muren inte är nödvändig.
Trump skriver på Twitter att hans inställning till muren "aldrig har ändrats eller utvecklats". Han lägger samtidigt till att tanken aldrig har varit att bygga muren där det finns naturliga hinder som berg, ödemarker eller strida floder.
Han upprepar också att muren ska betalas, direkt eller indirekt, av Mexiko.
I en intervju för Fox News förnekar Kelly inte att han har sagt att Trump inte var helt insatt när han gav sitt vallöfte om muren. Han påpekar att presidenten fortfarande är inställd på att bygga hundratals mil av barriärer längs gränsen, men att experter har förklarat för Trump att det finns geografiska platser där muren inte är realistisk.
Kelly säger att det är en sak att driva kampanj, en annan att regera.
- Den här presidenten har varit mycket, mycket flexibel kring vad som är möjligt, säger han till Fox news.