– Vi ser oöverträffade nivåer av kraftigt regn i städer där vi har utfärdat särskilda varningar, säger Yasushi Kajiwara vid Japans meteorologiska myndighet under en presskonferens på onsdagsmorgonen, lokal tid.
Han uppmanar de människor som bor inom evakueringsområdena att agera innan läget blir värre.
– Vänta inte, säger Kajiwara.
Ytterligare en miljon personer rekommenderas att lämna området.
Evakueringsbeslut utfärdas av lokala myndigheter i Japan, men är inte obligatoriska.
Mer regn väntas
– Vi har fått rapporter från flera håll om skador som orsakats av översvämmade floder, skred och hus helt under vatten, och det finns en risk för ytterligare skador under kommande timmar, säger Yoshihide Suga, talesperson för myndigheterna.
En man hittades under onsdagsmorgonen livlös i sin bil i närheten av staden Saga. Bilen hade svepts med i vattenmassorna och myndigheterna bekräftade senare att mannen var död. Ytterligare en man omkom i staden Fukuoka då han försökte ta sig ut ur en bil som satt fast i stigande översvämningsvatten. Det rapporteras om en tredje avliden person, men det dödsfallet har inte bekräftats av myndigheterna.
Saga-området drabbades på onsdagsmorgonen, lokal tid, av nederbörd på över 100 millimeter under en timma. Kommande dygn väntas ytterligare stora mängder regn i sydvästra Japan.
Jordskred
Skyfallen har även påverkat transporter i landet. Tågtrafiken är stoppad på flera sträckor och vägar är stängda i de norra delarna av ön Kyushu.
Det har även kommit rapporter om flera mindre jordskred i området.
Japanska myndigheter uppmanar regelbundet människor att ta evakueringsorder på allvar, särskilt efter de katastrofala skyfallen förra sommaren i västra Japan då över 200 personer omkom.
Många av dödsfallen i fjol skylldes på att evakueringsorder gavs för sent och att vissa människor därför inte lyckades lämna de drabbade områdena. Hela stadsdelar begravdes då under skred eller översvämmades.
