Affären är ett "djärvt första steg mot europeisk strategisk autonomi", sade Macron när han signerade kontraktet under ceremoniella former i Élyséepalatset.
Grekland betalar omkring tre miljarder euro för fregatterna, med möjlighet att köpa en fjärde, uppger en grekisk regeringskälla till nyhetsbyrån Reuters.
Australien backade nyligen ur en större, planerad ubåtsaffär med Frankrike, till fransmännens stora besvikelse och en diplomatisk kris som följd.
Affären gick i stöpet sedan Australien kommit överens om att gå med i ett militärt samarbete med USA och Storbritannien, kallat Aukus. I stället för konventionellt drivna franska ubåtar ska USA och Storbritannien förse australierna med atomdrivna ubåtar.
"Sluta vara naiva"
– Européerna måste sluta vara naiva. När vi är under press från andra makter, som tidvis skärper sina ståndpunkter, måste vi reagera och visa att vi har kapaciteten att försvara oss själva, sade Macron.
Han tillägger att det inte handlar om ett alternativ till militär allians med USA.
– Det är inget substitut, utan handlar om att ta ansvar för den europeiska pelaren inom Nato, betonar Macron.
Grekland har tidigare beställt 24 stridsplan från Frankrike.
Skydda EU:s yttre gräns
Även Grekland betonade de försvarspolitiska aspekterna av fregattaffären.
– Det här knyter ihop oss för decennier. Det öppnar dörrar för morgondagens Europa som är starkt och självständigt, kapabelt att försvara sina intressen, sade Greklands premiärminister Kyriakos Mitsotakis.
Enligt Macron är Grekland i behov att ett stärkt militärt skydd, som EU:s yttre gräns. Han vill dock inte peka ut ökade spänningar med Turkiet kring östra Medelhavet som anledning.
– Som européer är det vår skyldighet att visa solidaritet med medlemsstater. Det är legitimt att utrusta landet så att det kan säkra sin territoriella integritet, sade Macron.