Minst 41 människor har omkommit och på sjukhus får nästan 2000 personer vård för sina skador, enligt japanska public service-bolaget NHK.
På tv-bilder syns bränder, kollapsade broar och stora kratrar som brutits upp i marken. Boende i området kring en stor damm har också uppmanats att lämna området eftersom det finns risk att dammen kollapsar.
Amerikanska geologiska myndigheten USGS uppmätte magnituden för den andra jordbävningen till 7.0 och centrum lokaliserades till en kilometer utanför staden Kumamoto som har runt 700000 invånare. Cirka 100000 personer i prefekturen har evakuerats och totalt har 240000 ombetts lämna sina hem.
Skalvet, som inträffade på cirka en mils djup, var betydligt kraftigare än den första jordbävningen på torsdagen.
Hundratusentals hushåll och företag saknar el. Minst 90 byggnader är totalförstörda och cirka 800 har skador. Många människor befaras också vara instängda i raserade hus. All flygtrafik till och från staden har ställts in under dagen och på många sträckor körs inte heller några tåg eftersom rälsen är skadad, och flera motorvägsavsnitt har stängts av.
På sina ställen har stora hål i marken öppnat sig. Efterskalv har fortsatt att skaka staden.
Japans premiärminister Shinzo Abe säger att regeringen gör allt den kan för att få fram fakta om skadorna. 20000 soldater, inklusive brandmän och sjukvårdspersonal ska också skickas till området
Räddningsarbetet kan försvåras av kraftiga regn som väntas de kommande dagarna. Japans enda kärnkraftsverk i drift ligger på ön där storstadsområdet Kumamoto breder ut sig. Men de två reaktorerna som är i gång påverkades inte av jordbävningarna, enligt NHK.
Fakta: Stora skalv i Japan
11 mars 2011: Ett skalv med magnituden 9,0 drabbar prefekturen Miyagi i nordöstra Japan. Drygt 20000 människor omkommer. Kärnkraftverket i Fukushima ödeläggs. Över 100000 människor evakueras på grund av strålningsrisken.
23 oktober 2004: Ett skalv på 6,8 drabbar Niigata-prefekturen. 67 människor omkommer.
17 januari 1995: Ett skalv på 7,3 drabbar Kobe i västra Japan. 6437 människor rapporteras ha omkommit eller är saknade.
Omkring 20 procent av världens jordskalv med en magnitud på 6,0 eller mer inträffar i Japan. I snitt registreras seismisk aktivitet var femte minut. Landets hårda byggregler och avancerad byggteknik bidrar dock till att merparten av skalven inte orsakar några dödsfall. Det finns också väl fungerande varningssystem för medborgarna, och kunskapen bland befolkningen om hur den ska agera vid skalv är stor.
Källa: BBC News.