Temer behövde stöd av minst en tredjedel av de 513 ledamöterna i underhuset. Två timmar in i omröstningen nådde han de 171 röster som krävdes. Då hade 151 ledamöter röstat för att han skulle bli avstängd och åtalad.
- Anklagelsen vilar på en bräcklig grund och är sämre underbyggd än första gången, säger ledamoten Celso Russomanno, som röstade till Temers fördel.
Presidenten klarade sig i en liknande omröstning, med andra korruptionsanklagelser, i augusti.
Förnekar allt
Anklagelserna den här gången kommer från en gigantisk utredning som har avslöjat avancerat mygel i Brasiliens maktelit. Ett stort antal politiker och företagsledare har gripits i härvan.
Åklagarna påstår att de politiska partierna sålde tjänster och sina röster till företag. De säger att Temer tog över det korrupta systemet när han kom till makten förra året, och att hans parti har fått in motsvarande 1,5 miljard kronor i mutor. Temer har förnekat allt och sagt att åklagarna ogillar honom.
- Jag röstar för över 90 procent av befolkningen i Brasilien som redan har dömt ut Temers inkompetenta regering, säger Luiza Erundina, från oppositionen.
"Bryr mig inte"
Temer klarade sig med god marginal, även denna gång, men de upprepade skandalerna försvagar hans ställning. Temer, då vicepresident, tog över i fjol efter att Dilma Rousseff avsatts. Bara tre procent av brasilianarna stödjer presidenten, enligt färska opinionsundersökningar. Sättet han kom till makten på gör att många tycker att hans regering saknar legitimitet.
Befolkningen är luttrad, och inga protester förekom utanför kongressen.
- Jag bryr mig inte om vad som händer med Temer för allt kommer att bli som vanligt oavsett om han stannar kvar som president eller inte. Brasilien kommer att fortsätta styras av tjuvar, säger Maria Inês Costa, en 22-årig barnflicka.
Bara en timme innan den utdragna omröstningen skulle börja fördes Temer till sjukhus. Han genomgick en urinvägsundersökning och kunde sedan skrivas ut. Han lämnade sjukhuset leende, och visade båda tummarna upp.
Fakta: Michel Temer
Den konservative politikern Michel Temer har styrt Brasilien sedan i maj förra året, då dåvarande presidenten Dilma Rousseff stängdes av i väntan på senatens slutgiltiga avgörande. När Dilma Rousseff slutligen avsattes i höstas tillträdde han automatiskt presidentposten.
Michel Temer var Rousseffs vicepresident och hade en nyckelroll i processen med att ställa henne inför riksrätt. Innan dess betraktades han som en diskret politiker som höll sig borta från rampljuset. En av hans största bedrifter har varit att hjälpa sitt parti PMDB att bilda koalitioner med varje president de senaste två decennierna.
Sedan han tillträdde presidentposten har Michel Temer försökt styra landet åt höger, med en rad marknadsinriktade reformer. Han har samtidigt blivit allt hårdare ansatt av korruptionsanklagelser, som riktats mot både honom och medlemmar av hans regering.