En man i 65-årsåldern avled av sina skador efter händelsen i helgen och en 62-årig kvinna har förts till sjukhus med lindriga skador och blåmärken.
Händelsen är politiskt känslig, eftersom de båda offren uppges vara från Taiwan – som Kenya inte har några förbindelser med, och som Kina gör anspråk på.
Taiwanesiska myndigheter hälsar att de skickar personal från Sydafrika för att assistera i ärendet. Samtidigt har Kina skickat folk från landets ambassad i Kenya, och deklarerar enligt nyhetsbyrån Nya Kina att "det är kinesiska myndigheters orubbliga plikt" att undsätta även taiwanesiska landsmän.
Flodhästar kan vara mycket aggressiva, och brukar klassas som det större vilda djur som dödar flest människor i Afrika.
I Naivasha har sedan årsskiftet fem andra personer attackerats och dödats av flodhästar. Ovanligt höga vattentemperaturer driver upp flodhästar från Naivashasjön till mer bebyggda områden i staden, på jakt efter föda. Enligt Naivashasjöns båtförening kan det vara en bidragande anledning till attackerna.