Damaskusregimen har sedan 19 juni riktat sin eld söderut mot Daraaprovinsen, ett av de sista stora rebellstyrda områdena. Offensiven har genomförts med ryskt flygunderstöd.
Nu befinner sig tusentals flyktingar vid den jordanska gränsen, som stängdes på lördagen.
Återtagandet av städerna i sydvästra Syrien har skett efter förhandlingarna med städernas styresmän och rebelledare å ena sidan och den syriska militären å den andra har förts via ryska officerare, uppger Rami Abdel-Rahman vid det oppositionella Syriska människorättsobservatoriet (SOHR) som bevakar kriget från Storbritannien.
Acceptera eller lämna
Men förhandlingarna har skett mot bakgrund av den omfattande offensiv som tvingat omkring 160000 människor på flykt, och som intensifierats de senaste dagarna.
Uppgörelserna följer på en rad liknande avtal på andra håll i Syrien där regimen återtagit makten efter omfattande militära angrepp från marken och luften. Avtalen brukar innebära att rebellerna lämnar över sina tyngre vapen och sedan får välja: acceptera regimens militärstyre eller bussas till rebellkontrollerat område i norra Syrien.
Men flera rebellgrupper i Daraaprovinsen vägrar acceptera detta, utan kräver att de civila myndighetspersonerna återinsätts och rysk militärpolis i stället för regimsoldater får ansvar för säkerheten, säger Ibrahim Jabawi, talesperson för en av rebellgrupperna.
Förnekar avtal
Jabawi förnekar att något avtal slutits om att rebeller ska lägga ned vapnen.
Den statliga nyhetsbyrån Sana hävdar att regimen nu tagit över Daail, Östra Ghariya, Talul Khalaaf och Tal al-Sheikh Hussein, medan SOHR uppger att samma sak skett i Ibtaa, Västra Ghariya, Um Walad och Östra Karak.
Enligt SOHR dödades minst fem civila i Daraa på lördagen. Det innebär att 105 civila dödats sedan den 19 juni. Under samma tid har minst 96 stridande mist livet på regeringssidan och minst 59 på rebellsidan.
Fakta: Kriget i Syrien
I mars 2011 inleddes demonstrationer för demokrati i Syrien. President Bashar al-Assad svarade med dödligt våld och med tiden utvecklades konflikten till ett blodigt inbördeskrig. Under årens lopp har många olika aktörer blandat sig i kriget, motiverade av sina egenintressen. När Ryssland gick in militärt i Syrien 2015 vände det kriget till al-Assads fördel.
Sedan kriget bröt ut har miljontals människor tvingats lämna sina hem. Många har tvingats fly mer än en gång och över 340 000 människor har dödats. Otaliga försök att sätta stopp för konflikten har misslyckats.
Nu beräknas över sex miljoner människor vara internflyktingar inne i Syrien medan ytterligare fem miljoner har flytt landet.