79-åringen kördes ut i rullstol av sonen och parlamentsledamoten Kenji och vinkade till supportrar innan han åkte in väg i en bilkonvoj.
En kvinna skrek "Vi älskar dig, vi älskar dig!" och försökte sträcka sig genom raden av säkerhetsvakter för att kunna röra vid Fujimoris bil.
"Med min pappa", twittrade Kenji Fujimori tillsammans med en selfie tagen i baksätet av deras stadsjeep.
Kontroversiellt beslut
Nyligen benådades han av president Pedro Pablo Kuczynski, ett kontroversiellt beslut som lett till ministeravgångar och gatuprotester.
Presidenten har motiverat beslutet med Fujimoris sviktande hälsa. Men enligt kritikerna var benådningen en eftergift för att politiska motståndare räddat Kuczynski från att avsättas av kongressen i en omröstning dagarna före benådningen. Kenji Fujimori och andra så kallade fujimorister uteblev från omröstningen.
Kuczynski hotades av riksrätt. Han anklagas för att ha ljugit för att sopa igen spåren till den brasilianska byggjätten Odebrecht som har betalat ut hundratals miljoner kronor i mutor till högt uppsatta personer runt om i Sydamerika.
Dömd till 25 år
Fujimori har själv hälsat från sjuksängen att benådningen var en överraskning, och i ett videomeddelande bett landets befolkning om förlåtelse.
Kuczynski lovade att inte benåda Fujimori under förra årets valkampanj, då Fujimoris dotter Keiko var hans motkandidat.
Många i Peru har sett Fujimori som en korrupt diktator medan andra hävdar att det var han som ledde landet ur en ekonomisk kris under sin tid som president, 1990–2000.
2009 dömdes han till 25 års fängelse för att ha beordrat två massakrer samt för korruption. Han lider av bland annat cancer.
Fakta: President som sade upp sig per fax
Alberto Fujimori var dekan på ett universitet innan han 1990 besteg presidentämbetet i Peru – och blev dess mest kontroversielle innehavare.
Under hans tio år vid makten 1990–2000 växte ekonomin och han blev lovordad i vissa kretsar för sin nyliberalism.
I par med sin hårdföre säkerhetschef Vladimirio Montesinos lyckades han eliminera den extremistiska gerillagruppen Lysande stigen, vars krig sedan 1980-talet krävt 70000 människors liv.
Hustrun tog ut skilsmässa vilket ledde till att hans då 19-åriga dotter Keiko fick rollen som rikets första dam. Hon leder nu oppositionen i parlamentet mot Kuzcynski.
Alberto Fujimoris nedgång började när Montesinos avslöjades för korruption år 2000. Fujimori flydde till Japan – och skickade en avgångsansökan per fax. Men kongressen röstade för avsked med tio års politiskt yrkesförbud.
När han så småningom vågade sig till Chile, blev han gripen och utlämnad, för att 2009 dömas till 25 års fängelse för att ha beordrat två massakrer samt för korruption. Han lider nu av bland annat cancer. Yngste sonen har flera gånger försökt få honom fri.
Källa: Reuters