Ledamöterna lade en efter en sin röst under kvällssessionen i det brasilianska parlamentets underhus.
Det stod tidigt klart att Temer fått det stöd han behövde – 263 ledamöter röstade för presidenten och 227 röstade emot. Resten av de totalt 513 ledamöterna avstod eller var frånvarande.
Två tredjedelar av underhuset hade behövt acceptera åtalet för att Temer skulle bli avstängd med omedelbar verkan i 180 dagar och ställas inför rätta i Högsta domstolen.
"En tjuv"
Presidenten anklagas för att ha tagit emot stora summor i mutpengar. Utredningen kring de muthärvor som har nystats upp i Brasilien under de senaste åren är den största genom tiderna och inkluderar ett hundratal politiker. Flera ministrar ur Temers regering har tvingats avgå.
Omröstningen inleddes på kvällen lokal tid efter nio timmar av hätsk debatt mellan presidentens anhängare och oppositionen. Den avbröts upprepade gånger av rop och enstaka gånger av handgemäng mellan ledamöter.
- En tjuv är en tjuv och måste behandlas som en tjuv, sade oppositionspolitikern Major Olímpio inför församlingen.
Varje ledamot fick möjlighet att motivera sitt val under omröstningen, som sändes direkt i brasiliansk tv. Temers motståndare var inte sena att ta ordet, medan de flesta av hans anhängare röstade i tystnad.
Temer, som efterträdde avsatte Dilma Rousseff i maj i fjol, är inte populär i Brasilien. En opinionsundersökning visar att bara fem procent stödjer honom.
Fler åtal möjliga
Presidenten sade före omröstningen att han var säker på att ha tillräckligt stöd för att klara sig, och har fått medhåll från flera utomstående bedömare. Efteråt säger han att resultatet var "tydligt och oomtvistligt", och vill genast byta ämne och ta upp ekonomiska åtgärder för Brasilien.
"Med det stöd som underhuset har gett mig kommer vi att kunna genomföra alla reformer som landet behöver", säger han i ett uttalande.
Temer har nekat till alla mutanklagelser och kallat dem "rena påhitt".
Presidentens motståndare sätter nu sitt hopp till åklagaren Rodrigo Janot, som kan komma att lägga fram fler brottsanklagelser mot Temer under de närmaste veckorna. Ett åtal kräver ett godkännande från parlamentet, och skulle alltså kräva ännu en omröstning.
Fakta: Michel Temer
Den konservative politikern Michel Temer har styrt Brasilien sedan i maj förra året, då dåvarande presidenten Dilma Rousseff stängdes av i väntan på senatens slutgiltiga avgörande. När Dilma Rousseff slutligen avsattes i höstas tillträdde han automatiskt presidentposten.
Michel Temer var Rousseffs vicepresident och hade en nyckelroll i processen med att ställa henne inför riksrätt. Innan dess betraktades han som en diskret politiker som höll sig borta från rampljuset. En av hans största bedrifter har varit att hjälpa sitt parti PMDB att bilda koalitioner med varje president de senaste två decennierna.
Sedan han tillträdde presidentposten har Michel Temer försökt styra landet åt höger, med en rad marknadsinriktade reformer. Han har samtidigt blivit allt hårdare ansatt av korruptionsanklagelser, som riktats mot både honom och medlemmar av hans regering.