Presidentordern som president Michel Temer undertecknade i förra veckan var tänkt att häva naturskyddet för reservatet, som omfattar en yta större än Danmark. Att tillåta gruvdrift i det guld- och mineralrika området ingår i Temers planer för att stärka den sviktande ekonomin i landet.
Beslutet av domaren Rolando Spanholo att stoppa dekretet kommer efter kraftiga protester från miljöorganisationer. Många kändisar och den katolska kyrkan i Brasilien har också sällat sig till kritikerna.
Regeringens försäkran att skyddade skogsområden och ursprungsbefolkningsterritorier som finns i reservatet inte kommer att påverkas av gruvdriften har inte övertygat kritikerna.
Spanholo motiverar stoppet med att regeringen brutit mot konstitutionen genom att underlåta att konsultera kongressen. Domaren anser också att dekretet äventyrar miljöskyddet och skyddet för ursprungsbefolkningen.
Regeringen meddelar att den tänker överklaga domslutet till högre instans.
TT-AFP