Högernationalisten Bolsonaro har vid upprepade tillfällen uttryckt sig mycket fientligt mot medier, och bland annat hotat med att staten ska sluta annonsera i medier han ogillar.
- Vi oroas av att den nyvalde presidenten inte skiljer på regeringen och staten när han säger att han ska använda den allmänna administrationen för att straffa medier som är obekväma, säger María Elvira Domínguez, ordförande för det interamerikanska pressförbundet IAPA.
Brasiliens förening för undersökande journalistik uttrycker liknande farhågor.
- Att eventuellt ha andra åsikter än nyhetsmedierna kan inte blandas ihop med oacceptabla repressalier gentemot tidningar med hjälp av statens annonspengar, säger föreningens ordförande Marcelo Rech.
Efter valet sade sig Bolsonaro stå bakom pressfriheten – men sade också "den tidningen är slut" om Folha de S.Paulo.
Tidningen har bland annat avslöjat att storföretag finansierat ett system för att sprida desinformation om Bolsonaros motståndare, Arbetarpartiet och dess kandidat Fernando Haddad.
"Vänj dig", svarade Folha de S.Paulo i en ledartext i veckan. "Den här tidningen kommer bekvämt att fortsätta stå vakt, för den är inte beroende av federala annonspengar."
Fakta: Jair Bolsonaro
Jair Bolsonaro kandiderade för Socialliberala partiet (PSL), vars politik kan beskrivas som nationalkonservativ. Han föddes i São Paulo, men är numera bosatt i Barra da Tijuca, en förort till Rio de Janeiro. Har en bakgrund som militär.
63-åringen har gjort sig känd som en frispråkig politiker som både under valkampanjen och tidigare i sin karriär har gjort en lång rad kvinnofientliga, homofobiska och rasistiska uttalanden. Han har även uttalat sig positivt om den militärjunta som styrde Brasilien mellan 1964 och 1985 samt hotat att följa USA:s exempel och dra sig ur Parisavtalet om klimatet.
Trots det vann Bolsonaro valet. Förklaringarna är flera. Han har tagit strid mot den utbredda korruptionen och lovat att ta i med hårdhandskarna mot den omfattande våldsbrottsligheten. Ytterligare en faktor som förklarar Bolsonaros framgångar är förhoppningen om att hans politik kommer att skapa nya jobb, vilket är välkommet då ekonomin är på dekis.