Taner Kilic skulle egentligen friges från häktet efter ett beslut i en domstol i Istanbul, men på onsdagskvällen överklagade åklagaren beslutet och Kilic flyttades i stället till ett annat häkte. En lokal domstol i Izmir beslutade på torsdagen att Kilic ska hållas i fortsatt förvar.
Kilic greps i början av juni i fjol och har sedan dess suttit fängslad, anklagad för att stå nära den USA-baserade predikanten Fethullah Gülen, som Turkiets president Recep Tayyip Erdogan anklagar för att ha legat bakom kuppförsöket 2016.
Enligt åklagarna hade Kilic laddat ner appen Bylock, som använts av Gülen-anhängare. Kilic nekar till att ha haft appen.
Kilics fall slogs förra månaden ihop med åtalet mot tio andra personer, däribland Amnestys Turkietchef Idil Eser, som greps i juli vid ett möte om digital säkerhet söder om Istanbul.
Eser, den svenske IT-konsulten Ali Gharavi, den tyske rättighetskämpen Peter Steudtner och fem andra personer släpptes på fri fot i oktober, men rättegången mot dem fortsätter. De anklagas för att ha "bistått" en terrororganisation. Anklagelserna mot dem saknar grund enligt Amnesty.