Mannen ska ha arbetat som vatikansk diplomat vid ambassaden i Washington DC fram till augusti förra året.
Han kallades hem från Washington efter en förfrågan från amerikanska myndigheter att lyfta hans diplomatiska immunitet. Den förfrågan ska ha avvisats och Vatikanen har i stället valt att på egen hand utreda prästen.
Den katolska kyrkan har fått massiv kritik för sin hantering av anklagelser om sexuella övergrepp mot barn av präster. Påve Franciskus har vid flera tillfällen lovat att vidta "så bestämda åtgärder som möjligt" mot präster som våldtar och antastar barn.
I februari utnämnde han nio nya medlemmar till ett expertråd med uppgift att förebygga sexuella övergrepp i den katolska kyrkan. Utnämningen kom dock efter det att två medlemmar, som också själva var offer för sexuella övergrepp, hoppat av i protest.