Beskedet kommer dagen efter att det blev känt att brexitministern David Frost, som tidigare bland annat ansvarat för den komplexa frågan om det så kallade Nordirland-protokollet, lämnat in sin avskedsansökan.
"Truss tar över ministeransvaret för Storbritanniens förhållande med Europeiska unionen med omedelbar verkan", uppger Johnsons kansli i ett uttalande.
Hon kommer "att leda de förhandlingar som nu pågår för att lösa de problem som uppstått när det gäller Nordirland-protokollet", meddelas vidare.
Truss tillträdde som utrikesminister i september i år och är populär bland konservativa gräsrotsväljare. Tidigare var hon handelsminister i Johnsons regering.
När folkomröstningen om EU-utträdet hölls 2016 tillhörde hon den falang som ville att britterna skulle stanna kvar i unionen. Men numera säger hon sig vara en anhängare av brexit.
Formellt lämnade britterna EU i början av detta år. Men Storbritannien och EU sitter ännu fast i komplicerade samtal som rör handelsfrågor – inte minst om Nordirland-protokollet som behandlar gränsfrågor för den enda brittiska riksdel som har landgräns mot ett EU-land, det vill säga Irland.
David Frost lämnade sin post på grund av att han var "besviken på den riktning som den brittiska regeringen tagit", bland annat när det gäller skattefrågor.