Mannen greps under en övning i Hammelburg i Bayern, men var stationerad i den franska staden Illkirch söder om Strasbourg. Polis från Tyskland, Frankrike och Österrike gjorde razzior på 16 olika platser.
En 24-årig man med bakgrund i högerextrema kretsar har också gripits, misstänkt för medhjälp och för brott mot vapenlagar.
Fientliga åsikter
Bägge männen härstammar från Offenbach utanför Frankfurt. Textmeddelanden som de utväxlat visar att de har främlingsfientliga åsikter.
Den 28-årige löjtnanten greps av österrikisk polis redan den 3 februari, när han försökte hämta en laddad pistol han gömt på en toalett på Wiens flygplats. Han släpptes senare i brist på bevis, skriver Die Welt.
Levde dubbelliv
Men när myndigheterna började utreda honom visade det sig att militären levt ett dubbelliv sedan december 2015, då han registrerade sig i Tyskland som flykting från Syrien. Han blev tilldelad en plats på ett flyktingboende och mottog sedan januari 2016 en månatlig ersättning under sin falska identitet – detta trots att han enligt tidningen Die Welt inte kunde arabiska.
"Dessa fynd, samt indikationer på en främlingsfientlig bakgrund hos Bundeswehr-soldaten, tyder på att den anklagade planerade ett allvarligt brott som hotar rikets säkerhet", skriver åklagare i ett uttalande enligt AFP.
Die Welt rapporterar att 28-åringen troligen ville få det att se ut som om utlänningar utfört den attack som han planerade.
