Bolsonaro använder sin vetorätt för att avlägsna paragrafer om att munskydd måste bäras i kyrkor och affärer, samt i andra offentliga miljöer och på slutna platser där människor samlas. Presidenten hävdar att det kan medföra ett okonstitutionellt intrång i människors liv.
Han har också lagt in veto mot paragrafer om att affärer och andra företag måste tillhandahålla munskydd till sina anställda och att myndigheter måste göra det samma för "ekonomiskt sårbara människor".
Munskyddens syfte är att bromsa spridningen av coronaviruset och kongressen måste nu överväga Bolsonaros invändningar och besluta om den ska stödja eller gå emot presidenten.
Detta är en av flera ronder om munskydd i landet. I förra veckan beslutade en domare att Bolsonaro själv måste bära munskydd när han rör sig i offentliga sammanhang, annars väntar böter.
Men i tisdags ogiltigförklarade en annan domare det beslutet med motiveringen att det är onödigt med tanke på att munskydd redan är obligatoriskt i huvudstaden Brasilia.
Brasilien är efter USA världens värst drabbade land av coronaviruset med över 1,5 miljoner smittade och drygt 61 000 dödsfall.