Det innebär att siffran är uppe i sin högsta nivå sedan 2016, och Frontex spår att den kommer att växa.
"Med vintern i antågande så kan antalet försök (att ta sig in i EU) komma att öka innan sjövädret förvärras och gör passagerna ännu mer farliga", säger myndigheten i ett uttalande.
Totalt har 228 240 människor anlänt till EU på olaglig väg sedan årets start. Nästan hälften av dem kom via Balkan, en rutt som sett en 170-procentig ökning av illegala passager på bara ett år.
Enligt Frontex kan den höga siffran delvis förklaras av att migranter som redan befinner sig på Balkan gör upprepade försök att korsa EU:s gränser.
Den näst vanligaste vägen till EU gick via centrala Medelhavet, en rutt som 42 procent fler människor använde sig av under årets första nio månader jämfört med samma period i fjol.
Syrier, afghaner, turkar, tunisier, egyptier och bangladeshier står för merparten av de olagliga gränspassagerna, enligt Frontex.