Bägge länderna tvistar med Kina om havsterritorium. De två önationerna ger det maritima samarbetet högsta prioritet. De är överens om att stärka Indonesiens förmåga att försvara sina vidsträckta havsgränser, rapporterar AFP.
Indonesien gör inte anspråk på rev och öar i den omtvistade Sydkinesiska sjön. Men Kinas omfattade anspråk inkräktar på Indonesiens ekonomiska zon, det vill säga vatten där en stat har rätt att exploatera naturresurser, kring Natunaöarna. Indonesien tänker försvara sin suveränitet mot fiskefartyg, bland annat från Kina, som gör intrång i området.
Japan har en egen havstvist med Kina om öar i Östkinesiska sjön.
Abe, som tidigare besökt Australien och Filippinerna, fortsätter till Vietnam. Så sent som i lördags kom Vietnam överens med Kina om att försöka lösa sina meningsskiljaktigheter och slå vakt om fred i Sydkinesiska sjön, enligt Reuters.
Kina gör anspråk på nästan hela Sydkinesiska sjön, som antas ha stora olje- och gasfyndigheter. Men även Vietnam, Brunei, Malaysia, Filippinerna och Taiwan, har sina krav.
Fakta: Sydkinesiska sjön
Kina gör anspråk på 90 procent av Sydkinesiska sjön, ett område som tros vara rikt på olje- och gasfyndigheter.
Samtidigt gör grannländerna Vietnam, Filippinerna, Malaysia, Brunei och Taiwan också anspråk på delar av samma områden.