Det finns en språkhistorisk förklaring till den här variationen. I äldre tid hade svenskan ett kasussystem, ett system som påminde om det som möter i tyskundervisningen. Bland annat skilde man på subjektsform och objektsform. I själva verket fanns det två objektsformer: dativ och ackusativ. I dagens svenska är det bara personliga pronomen som skiljer sig mellan subjektsform och objektsform: jag–mig, du–dig, vi–oss och så vidare.
Timme är en gammal subjektsform och timma en gammal objektsform. Av någon anledning har båda överlevt och båda har dessutom samma form i pluralis: timmar.
Det finns en del andra ord där båda kasusformerna överlevt men då med olika betydelser och olika böjning. Mosse (gammal subjektsform) och mossa (gammal objektsform) var en gång samma ord. Numera är det två ord med olika betydelse och böjning: mosse–mossar, mossa-mossor. Den gamla funktionen att markera subjektsfunktion respektive objektsfunktion är sedan länge död och begraven. Det som var en grammatisk skillnad har blivit en lexikal skillnad.
Samma utveckling ligger bakom de två orden flotte (en flotte–flera flottar) och flotta (en flotta–flera flottor). Detsamma gäller ände–ända och ande–anda.
Den här förändringen och utvecklingen av e- och a-former har skett under flera hundra år, från medeltiden och framåt.
Ett annat fall är rulle–rulla. Den senare formen förekommer numera nästan bara i fraser som i rullorna ’i registren, i dokumenten’. I ett mejl påpekades att en del numera säger ”titta i rullarna”. Förklaringen är rimligtvis att formen rullorna känns obekant till skillnad från rullarna.
I de flesta fall där både e- och a-varianten överlevt, har de utvecklat olika betydelser, som flotte–flotta och mosse–mossa.
I en del andra fall har olika dialekter valt på olika sätt bland de två formerna. Södra och västra Sverige har ofta e-former, där man norröver har a-former. I Göteborg har de vanliga formerna tidigare varit skole, penne och trase där standardspråket har skola, penna och trasa. Längre tillbaks hette det även kärne och hjärne i stället för kärna och hjärna. De standardspråkliga a-formerna har tagit över mer och mer under de senaste hundra åren.
I dag är det nog enbart i timme–timma som vi har två varianter med samma betydelse och samma stilnivå. Här är valet fritt.