Beskedet kommer en vecka efter att den 61-årige iraniern Hamid Noury dömdes i Stockholms tingsrätt för att ha organiserat massavrättningar av politiska fångar i Iran 1988.
"Islamiska republiken Iran har i protest mot uttalandet och den olagliga domen som utfärdats i Sverige mot Hamid Noury... beslutat att återkalla sin ambassadör i Sverige för samråd", säger det iranska utrikesdepartementets talesperson Nasser Kanani i ett uttalande.
Domen "baseras på grundlösa, förvrängda och påhittade anklagelser", tillägger han.
Hamid Noury dömdes till livstids fängelse för grovt folkrättsbrott och flera fall av mord. Han greps på Arlanda för tre år sedan och har sedan dess suttit häktad.
Bara timmar efter att domen fallit skrev det iranska utrikesdepartementet i ett uttalande att det "kraftigt fördömer detta politiska ställningstagande, som består av ogrundade och fabricerade anklagelser mot Iran och dess rättssystem".
