Anders Danielsson kommer istället att bli generalsekreterare för svenska Röda korset och kommer att tillträda den tjänsen den 1 december.
"Jag har alltid känt stort engagemang för människor i utsatthet såväl i Sverige som i resten av världen. Jag har nu fått en enastående chans att leda Röda Korset i en tid med många utmaningar i vår omvärld. Det är ett privilegium att få ägna mig åt att rädda liv och ge hopp i en tid då behovet av Röda Korsets insatser ökar", säger Anders Danielsson i ett pressmeddelande från Röda korset.
Regeringen kommer att utse en tillförordnad generaldirektör för Migrationsverket.
Anders Danielsson, 62, har tidigare bland annat även varit generaldirektör för Säkerhetspolisen och länspolismästare i Skåne.
"Det finns sällan någon rätt tid för att byta jobb utan rätt tid är när tillfället dyker upp. Det som känns bra är att vi har landat efter förra hösten, att vi har en positiv utveckling i verksamheten och att Migrationsverket står väl rustat att hantera de utmaningar som väntar. Det skapar trygghet i valet att gå vidare", säger Anders Danielsson i pressmeddelandet från Migrationsverket.
