Det var ett spårlägesfel som upptäcktes vid 12-tiden och Trafikverket beslöt att stoppa all tågtrafik på det aktuella spåret.
Tågen körs tills vidare på det andra spåret mellan Falköping och Stenstorp.
Under eftermiddagen kommer spåret att riktas.
Men endast ett spår framkomligt på den 14 kilometer långa sträckan kan det uppstå förseningar på upp till 15 minuter.
Hittills har dock tågen inte drabbats av några nämnvärda förseningar.
Förseningarna kan drabba bland andra tågen Göteborg-Stockholm och Göteborg-Skövde.