Missing People uppgav på sin Facebooksida på söndagseftermiddagen att 13-åringen var "återfunnen och vid liv, han mår efter omständigheterna bra".
- Han kom hem självmant, säger Peter Adlersson, presstalesman vid polisen i Västra Götaland.
Enligt polisen finns inga misstankar om brott kring försvinnandet.
Polisens ungdomspatruller i Syd liksom vanliga radiobilar spanade efter pojken på lördagen.
- Vi vet att han frivilligt valde att dra iväg på fredagen och att det är han själv som väljer att hålla sig undan. Men vi tar ändå allvarligt på det. Han är ju bara 13 år, sade Stefan Andersson på lördagen.
Pojken försvann från sina föräldrar vid Frölunda Torg vid 15-tiden och anmäldes försvunnen fyra timmar senare.
Missing People startade vid tolv-tiden på lördagen en sökinsats med omkring 35 deltagare.
- Vi har koncentrerat oss på området runt torget och ned mot Ruddalen, säger Neda Pavic, administrativ chef på Missing People i Göteborg.
Sent på lördagseftermiddagen var sökarna fortfarande på plats men det var oklart hur insatsen skulle fortsätta.
En ny sökning efter pojken var planerad av organisationen klockan 13. Den ägnas nu enbart åt att leta efter en 50-årig man i Frölunda som varit försvunnen sedan i måndags
