Hon anklagar honom för "år av fysiska och psykiska" övergrepp.
Den 21 maj ska han ha slängt en telefon i ansiktet på henne med ett blåmärke som följd. Heards advokater säger i ett uttalande att hon inte ville göra en polisanmälan efter händelsen för att skydda sitt privatliv och Depps karriär.
Depps representanter har inte kommenterat polisanmälan. En talesman för polisen i Los Angeles vill inte säga något med hänvisning till att saken är under utredning.
Heard begärde skilsmässa från Depp förra veckan. En domstol beslutade i fredags om besöksförbud för Depp, sedan Heard under ed berättat om mobiltelefonhändelsen.
Paret gifte sig i februari förra året. De träffades 2011 när de spelade in filmen "The rum diary".