Styrelsemedlemmen Priit Perens lämnar också sitt uppdrag och sin anställning hos banken. Olavi Lepp och Anna Kõuts utses till ny tillförordnad vd respektive finanschef för bankens estniska filial.
Ommöbleringen i ledningen sker som en konsekvens av bankens pågående interna undersökningar, heter det i pressmeddelandet.
Swedbank besvarar TT:s frågor via mejl.
TT: Varför petas vd:n och finanschefen?
"Det pågår en fördjupad intern utredning i banken om historisk regelefterlevnad när det gäller arbetet mot penningtvätt. Vi gör den med hjälp av extern expertis. Beslutet idag är en konsekvens av den pågående interna utredningen", skriver presschefen Unni Jerndal.
TT: Misstänks de för några oegentligheter?
"Såvitt vi vet – nej".
Åklagare i Estland beslutade den 12 april att lägga till misstänkta Swedbanktransaktioner till den förundersökning om misstänkta penningtvättsbrott som myndigheten redan bedriver mot Danske Bank.
Om det under utredningens gång kommer fram uppgifter som föranleder det kan det bli aktuellt att inleda en separat utredning mot Swedbank, har åklagarmyndigheten skrivit i ett pressmeddelande.
Swedbank utreds sedan tidigare av finansmyndigheter i Sverige och de baltiska staterna, sedan SVT:s Uppdrag granskning rapporterat om omfattande misstänkt penningtvätt. Enligt Unni Jerndal har dagens besked ingen koppling till dessa utredningar.